Geçmeyen aftlar yani tekrarlayan aftlar çocuklarda ve altta başka hastalıkların tetiklediği hastalarda oluşur. Geçmeyen aftlar sınıfına girebilmesi için hastanın en az bir yıl içerisinde üç defadan fazla aft hastalığına yakalanmış olması gerekir. Geçmeyen aftlarda hastada belirli hastalıkların mutlaka araştırılması gerekir. Basit gibi gözüken aftlar başka hastalıkların tetiklemesi olabilir.
Bu hastalıkların bazıları, Behçet hastalığı, çölyak hastalığı, sistemik hastalıklar, Ülseratif hastalıklar, Sweet sendromu, akatalazya, siklin nötropeni, myelodisplaziler, reiter hastalığı, agranulositoz hastalığı, pfaba sendromu, beslenme bozukluğu, magic sendromu gibi hastalıkların varlığı hastada mutlaka araştırılmalıdır.
Geçmeyen aftların sebebi bu hastalıklardan birisi ise öncelik hastalığın tedavisine verilmeli ve gereken testler ve tanı konulduktan sonra ortaya çıkan hastalık ile aftlar beraber bir şekilde tedavi edilmelidir. Aksi şekilde direk aft tedavisi bir sonuç vermeyeceğinden altta yatan hastalık yeni aftlar çıkmasına neden olur. Özellikle Behçet hastalığında çıkan aftlar asla tam olarak iyileşmez ve sürekli kendini yeniler. Hastanın aft seyrinin düzene binmesi için alttaki hastalığın tedavi sürecine mutlaka başlanmalıdır.